Pour les paramyxovirus, la réponse est connue depuis un moment : « Nous savions déjà que les chauves-souris et les rongeurs jouent un rôle en tant que réservoir des paramyxovirus » explique Christian Drosten, directeur de l'Institut de virologie de l'université de Bonn (Allemagne). Ces pathogènes sont responsables de nombreuses maladies chez l’homme (rougeole, pneumonie, oreillons) comme chez l’animal (maladie de Carré, peste bovine).

Une vaste étude portant sur près de 10 000 animaux dont 86 chauves-souris et 33 espèces de rongeurs a permis d’identifier 60 nouvelles espèces de paramyxovirus. « Ils sont à peu près aussi nombreux que ceux qu’on connaissait déjà » insiste Christian Drosten. « Ces animaux vivent dans de très grandes communautés sociales avec des millions d'individus dans certains cas. Ce contact étroit favorise la circulation d’une grande variété de virus. »

L’éradication impossible

Les chercheurs qui publient leurs résultats dans Nature Communications estiment après analyse computationnelle que la quasi-totalité des paramyxovirus existants aujourd’hui proviennent des chauves-souris. Cela inclut les virus Hendra et Nipah deux pathogènes émergeants responsables d’encéphalites mortelles en Asie et en Australie mais dont le point de départ se situe en Afrique. De même le virus des oreillons est aussi issu des chauves-souris et toujours retrouvé dans le sang de ces animaux.

Ce qui implique que certains virus comme celui des oreillons pourraient être beaucoup plus difficiles à éradiquer que supposé. Même avec des campagnes de vaccination efficaces, si un réservoir d’agent infectieux persiste au sein d’une espèce dans la nature le risque d’une réinfection sera toujours possible. « C’est pourquoi les épidémiologistes doivent tenir compte des données écologiques lors de la planification des actions préventives » concluent les auteurs de l’étude.